ברוב בתי הכנסת הבימה שעליה קוראים את התורה ניצבת במקום גבוה בבית הכנסת, אך מארק שאגאל רצה שתהיה נמוכה. השראתו לעיצוב זה הוא הפסוק "מִמַּעֲמַקִּים קְרָאתִיךָ ה'" (תהלים קל). המפה היפה והפרוכת התואמת על ארון הקודש המכיל את ספרי התורה, עוצבו על ידי האמנית האמריקנית אביבה גרין. הן עשויות מחומרים טבעיים, חסרי צבע, המזכירים את הטופוגרפיה של ירושלים עם שוליים של טלית, לפי האתר של בית החולים הדסה.